Universitas Jenderal Soedirman didukung oleh Lembaga-lembaga sebagai unsur pelaksana akademik di bawah Rektor yang melaksanakan sebagian tugas dan fungsi di bidang penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, pengembangan pembelajaran dan penjaminan mutu, serta pengembangan teknologi dan sistem informasi untuk pendidikan. Lembaga-lembaga tersebut yaitu :

1. Lembaga Penelitian dan Pengabdian Kepada Masyarakat (LPPM)
2. Lembaga Pengembangan Pembelajaran dan Penjaminan Mutu
3. Lembaga Pengembangan Teknologi dan Sistem Informasi (LPTSI)