Kota Purwokerto memiliki pusat layanan kesehatan yang sangat memadai. Terdapat beberapa rumah sakit umum milik pemerintah yang telah terakreditasi, rumah sakit privat, rumah sakit orthopedi, rumah sakit mata, rumah sakit bedah, serta klinik-klinik yang mudah dijangkau karena tersebar di seluruh wilayah kota Purwokerto. Berbagai rumah sakit tersebut dilengkapi dengan peralatan terkini, fasilitas pengobatan dan tenaga-tenaga medis yang berkompeten. Asuransi kesehatan juga dapat digunakan di fasilitas-fasilitas kesehatan yang telah ditunjuk.