Unsoed memiliki 12 (dua belas) fakultas yang menyelenggarakan program monodisiplin pada jenjang pendidikan akademik dan profesi dan satu program pascasarjana multidisiplin pada jenjang pendidikan akademik. Kedua belas fakultas tersebut terdiri dari :
- Fakultas Pertanian
- Fakultas Biologi
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis
- Fakultas Peternakan
- Fakultas Hukum
- Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
- Fakultas Kedokteran
- Fakultas Teknik
- Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan
- Fakultas Ilmu Budaya
- Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
- Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Sedangkan Program Pascasarjana menyelenggarakan pendidikan kemagisteran multidisiplin, yakni Ilmu Lingkungan, Penyuluhan Pertanian, Bioteknologi Pertanian dan Agribisnis.