Universitas Jenderal Soedirman memiliki bendera berbentuk 4 (empat) persegi panjang dengan ukuran panjang berbanding lebar 3:2 (tiga berbanding dua) berwarna dasar kuning tua (deep yellow) dengan kode CMYK: 10-35-100-0 dan ditengahnya terdapat lambang Universitas Jenderal Soedirman.
Fakultas dan pascasarjana di Universitas Jenderal Soedirman memiliki bendera berbentuk 4 (empat) persegi panjang dengan ukuran panjang berbanding lebar 3:2 (tiga berbanding dua) dengan warna dasar yang berbeda dan ditengahnya terdapat lambang Universitas Jenderal Soedirman dengan ukuran lebar lambang berbanding lebar bendera 1:3 (satu berbanding tiga) serta dibawahnya terdapat tulisan nama fakultas atau pascasarjana.
Fakultas Pertanian
Fakultas Biologi
Fakultas Ekonomi dan Bisnis
Fakultas Peternakan
Fakultas Hukum
Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
Fakultas Kedokteran
Fakultas Teknik
Fakultas Ilmu Budaya
Fakultas Ilmu-Ilmu Kesehatan
Fakultas Matematika dan IPA
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Pascasarjana
